Upgrade Projekt einstellen
Profilbild von Anonymes Profil, Entwickler intelligenter Software / Senior Machine Learning Engineer
Jena
verfügbar

Letztes Update: 25.02.2024

Entwickler intelligenter Software / Senior Machine Learning Engineer

Abschluss: M.Sc. Bioinformatik
Stunden-/Tagessatz: anzeigen
Sprachkenntnisse: deutsch (Muttersprache) | englisch (verhandlungssicher) | russisch (Grundkenntnisse)

Schlagwörter

Skills


Von kleineren Datenalysen über maßgeschneiderte machine-learning Mikroservices bis hin zu Software-Komplettpaketen kann ich für verschiedenste Probleme Lösungen anbieten.

Ich würde mich freuen meine Ideen und meine langjährige Erfahrung in der Entwickung intelligenter Software in Ihr nächstes Projekt einzubringen.

Maschinelles Lernen
  • Natural Language Processing (NLP)
  • Automatic Speech Recognition (ASR)
  • Text-To-Speech synthesis (TTS)
  • Musik-Informationsgewinnung
  • Zeitreihen-Vorhersage
  • Bildverarbeitung / Rechnersehen (Computer Vision)
  • Regression / Klassifikation
Datenanalyse
  • Visualisierung
  • Mustererkennung
  • Anomalieerkennung
  • Analyse von Zusammenhängen / Abhängigkeiten
  • Zeitreihen-Analyse
  • Audio- / Sprachanalyse
Bioinformatik
  • Analyse biologischer Daten (-Omics, Massenspektrometrie, ...)
  • Modellierung biologischer Systeme (chemische Reaktionsnetzwerke, ökologische Multi-Skalen-Modelle, individuenbasierte Modellierung, evolutionäre Spieltheorie)
  • Verarbeitung mikroskopischer Aufnahmen (Segmentierung, Objekt-Detektion und -Tracking, Klassifikation, Anomalieerkennung)
DevOps
  • Entwicklung von Microservices
  • CI/CD
  • Docker
  • Kafka
Programmiersprachen
  • Python
  • Java
  • R
  • C / C++
  • Matlab
  • LaTex
Entwicklungsumgebungen
  • PyCharm
  • Jupyter Notebook / Lab
  • IntelliJ
  • RStudio
  • Matlab
  • Eclipse
Bibliotheken
  • PyTorch / PyTorch - Lightning / PyTorch - Forecasting
  • TensorFlow / Keras
  • Kaldi-ASR
  • CoquiTTS
  • Deeplearning4j
  • ImageJ
  • OpenCV
  • Scipy
  • Numpy
  • Pandas
Versions-Kontrolle
  • GIT
  • SVN
  • Github
  • Gitlab
  • Bitbucket
Projekt-Management
  • OpenProject
  • Jira
  • Confluence
Datenbanken
  • SQL
  • MariaDB
  • MongoDB
  • ArangoDB

Projekthistorie

10/2023 - 12/2023
Computer Vision, Segmentierung von Bildern
Bereich: Computer Vision, Segmentierung von Bildern, Objekterkennung

Resultate: Tool, um einzelne Objekte verschiedener, durch den Kunden vorgegebener, Klassen in Bildern zu identifizieren und einzufärben.

Methoden
  • Daten-Pipeline: API-Anbindung an Annotations-Tool des Kunden für die Erstellung der Trainingsdaten
  • Modell: Neuronales Netzwerk für Multi-Klassen, Multi-Objekt Segmentierung von Bildern
  • Bereitstellung: Microservices für Training & Inferenz
11/2022 - 08/2023
Maschinelles Lernen, Musikinformationsgewinnung
Forschungsbereich: Musik-Informationsgewinnung, Audio-Fingerprinting & -Matching.

Resultate: Automatisierte Erkennung von Musikstücken in Live-Aufnahmen. Die entwickelte Methode kann u.a. Instrumental- / Gesang-Versionen, Variationen in Gesang oder Instrumental (bis hin zu geänderten Instrumenten oder Gesang in einer anderen Sprache) und Ausschnitte von Musikstücken in einer Datenbank von Audio-Aufnahmen identifizieren.

Methoden:        
  • Musik-Detektion: Klassifikation von Musik bzw. Extraktion einzelner Musikstücke aus gemischten Aufnahmen (z.B Fernsehsendungen, Live-Konzerte, Alben, ...)
  • Musik-Dekomposition: Dekomposition der Musikstücke in die Audiospuren "Gesang" und "Instrumental"
  • Matching:  Erstellung eines elektronischen Fingerabdruckes der beiden dekomponierten Audiospuren und lokale Ähnlichkeitsbestimmung der Fingerabdrücke um die Musikstücke in einer Datenbank zu identifizieren.
02/2023 - 05/2023
Maschinelles Lernen
Forschungsbereich: Natural-Language-Processing

Resultate: Entwicklung eines Tools zur Erkennung und Verknüpfung kundenspezifischer Begriffs-Klassen aus Fließtext. Das Tools kann z.B. verwendet werden um Personen und Tätigkeiten / Fachgebiete auf Websites zu erkennen und die Tätigkeiten den einzelnen Personen zuzuordnen.

Methoden:
  • Modelle: Named-Entity-Recognition (NER) Modell mit Transformer-Embeddings um die Begriffe zu annotieren, Relation-Tagging Modell um die Begriffe zu verknüpfen (Bibliotheken: PyTorch / FlairNLP)
  • Annotations-Pipeline: Import- / Export-Funktionen um Beispiele für die zu erlernenden Begriffs-Klassen und Relationen manuell mittels eines grafischen Annotations-Tools (INCEpTION) auf Websites zu markieren
  • Trainer: Modul um die KI-Modelle an die manuell annotierten Daten anzupassen, also die kundenspezifischen Begriffs-Klassen und Relationen zu erlernen
06/2022 - 10/2022
Maschinelles Lernen
Forschungsbereich: Implementierung eines Neuronalen Netzwerks für multimodale Autokodierung.

Resultate: Aufbau einer Bibliothek von Eingabe- und Ausgabe-Adaptern für die generische perceiverIO Architektur. Implementierte Modalitäten (Datentypen): Text, Audio, Bilder, Videos, Zeitreihen.

Methoden:
  • Eingabe-Adapter: Modalitätsspezifische Restrukturierung der Eingabedaten als 2-Dimensionales Array und Konkatenierung der Modalitäten als Eingabe für perceiverIO
  • Ausgabe-Adapter: Entwicklung von Abfragen (query arrays) für die Rekonstruktion (Autokodierung), Klassifikation und Vorhersage der Eingabedaten
  • Modell: Microservices zur Vorbereitung der Daten, Konfiguration von Modellen (je nach Eingabedaten und Aufgabe), Training der Modelle und Verwendung der Modelle
09/2021 - 05/2022
Datenanalyse, maschinelles Lernen, Systembiologie
Forschungsbereich: Datenwissenschaftliche Analyse und Vorhersage der SARS-CoV-2-Epidemie in Thüringen.

Resultate: Zeitliche sowie räumliche Vorhersage epidemiologischer Kennwerte (Neuinfektionen, R-Wert) durch Verknüpfung und Interpretation unterschiedlicher Datenquellen (Infektionszahlen, soziodemographische Daten, Mobilität, ...).

Methoden:
  • Aufbau der Dateninfrastruktur: Zusammenführung & Aufbereitung der unterschiedlichen Datenquellen in einer Graphen-Datenbank (ArangoDB). Pipeline zur Aktualisierung der Daten
  • Datenanalyse: Frequenzanalyse & Filterung (Glättung). Bestimmung von zeitlichen Abhängigkeiten (Kreuzkorrelation) zwischen den Zeitreihen (innerhalb von Orten und zwischen Orten). Bestimmung des Effektes von getroffenen Maßnahmen auf die Zeitreihen
  • Modellierung: Neuronales Netzwerk für Multivariate Zeitreihenanalyse (Temporal Fusion Transformer) unter Berücksichtigung statischer Kovariablen (Ort, Einwohnerzahl, ...). Bestimmung von partiellen Abhängigkeiten der statischen und dynamischen Kovariablen auf die Zielvariable
  • Bereitstellung: Docker-Container mit Datenbanken, Modellen und API
07/2020 - 08/2021
Maschinelles Lernen, Spracherkennung
Forschungsbereich: Speech Recognition & Natural Language Processing.

Resultate: Automatisierte Transkription von Audio-Dateien in deutscher Sprache. Überwachung der Transkriptionsqualität und Training von neuen / unerkannten Wörtern. Klassifikation / Interpretation der transkribierten Texte.

Methoden:
  • Speech-to-text (STT): KaldiASR-Modell, trainiert auf deutschsprachigem Datensatz. Bestimmung von Wort-Erkennungs-Wahrscheinlichkeiten zur Qualitätsabschätzung
  • Trainer: Modul, um dem STT-Modell neue Wörter beizubringen. Prüfen der Erkennungsrate für gegebene Stichwörter. Phonemisierung schlecht erkannter Wörter durch ein separates Graphem-zu-Phonem Modell (g2p). Scraping von Beispieltexten zur Berechnung von Wort-Übergangswahrscheinlichkeiten. Einbindung der neuen Wörter und Phonemisierungen in die Grammatik und Phonem-Klassen des Modells und Retraining des Modells. Synthetisierung einiger Beispieltexte durch ein separates text-to-speech Modell (CoquiTTS) und Rückübersetzung in Text als Validierung
  • Natural-Language-Processing: Dokument-Indexierung der transkribierten Texte, semantische Suche von Stichwörtern und Klassifikation der Texte anhand vorgegebener Klassen
02/2020 - 06/2020
Datenanalyse, maschinelles Lernen
Forschungsbereich: Datenwissenschaftliche Analyse von Produkt-Verkäufen & Bedarfs-Vorhersage von benötigten Materialien.

Resultate: Identifizierung von Produktgruppen mit ähnlichem Verkaufsverhalten. Analyse von Trends und Saisonalitäten der Verkäufe. Abschätzung des zukünftigen Materialbedarfes für mehrere Monate.

Methoden:
  • Datenvorbereitung: Anbindung an die Verkaufs-Datenbank. Datensatz mit Produktverkäufen als Zeitreihen und Metadaten zu den Produkten (Einzelteile, Farben, Größe, ...)
  • Datenanalyse: Auffinden von Korrelationen im Verkaufsverhalten, Gruppierung der Produkte. Frequenzanalyse und saisonale Dekomposition der Zeitreihen
  • Bedarfsvorhersage: Vorhersage der Verkaufszahlen von Produkten bzw. Produktgruppen unter Berücksichtigung der Produkteigenschaften, aktuellen Trends und saisonalen Verkaufsmustern (Prophet und NBeats ensemble). Abschätzung des zukünftigen Materialbedarfs
10/2019 - 01/2020
Datenanalyse, maschinelles Lernen
Forschungsbereich: Analyse und Vorhersage von Fehler-Propagation in Transport-Netzwerken.

Resultate: Abschätzung der Auswirkung von Fehlern / Verzögerungen im Ablauf an spezifischen Orten auf das restliche Transport-Netzwerk.

Methoden:
  • Datenvorbereitung: Strukturieren der Daten in Orte, Bewegungen zwischen Orten und Abläufe an Orten. Berechnung von zeitlich statischen und dynamischen Eigenschaften der Orte (Kapazitäten, Auslastungen, ...)
  • Datenanalyse: Analyse von Bewegungen und Störungen im Netzwerk, Abschätzung der Auswirkung von Störungen auf nachfolgende Stationen (Identifikation von Störungsketten)
  • Simulation: Simulation des Effektes geänderter Transportwege / -Zeiten oder geänderter Abläufe / Parameter an den Orten auf das Gesamtnetzwerk
10/2018 - 07/2019
Forschung und Entwicklung
Forschungsbereich
Mikrobielle Brennstoffzellen

Resultate
Entwicklung und Bau einer mikrobiellen Brennstoffzelle (membran-frei, Luft-Kathode) zur direkten Gewinnung kleiner Energiemengen aus der mikrobiellen Umsetzung von biologischen Abfällen.
09/2015 - 07/2018
Systembiologie, mathematische Modellierung, Mikrobiologie
Forschungsbereich: Charakterisierung und Modellierung von immunologischen Reaktionen auf mikrobielle Infektionen mit Schwerpunkt Autoimmunität.

Resultate: Krankheitserreger müssen sich im Körper tarnen, um nicht als fremd erkannt und entfernt zu werden. Die Tarnung kann nicht perfekt sein. Das Immunsystem muss abwägen, ab welchem ”Schwellwert” von Eigen-Ähnlichkeit es möglicherweise getarnte Krankheitserreger angreift (ein niedriger Schwellwert bedeutet wenig Autoimmunität, aber schlechtere Abwehr von
getarnten Krankheitserregern, ein hoher Schwellwert gute Abwehr, aber eventuelle Autoimmunität). Identifikation von Zielproteinen für eine medikamentöse Intervention von Autoimmunität.

Methoden:
  • Literaturrecherche: (Angeborenes) Immunsystem, Komplementsystem, soziale Systemtheorie, Mimikry / Krypsis, mathematische / spieltheoretische Modelle von Mimikry, mathematische / metabolische Modelle des Komplementsystems
  • Modellierung: Transfer verhaltensbiologischer Modelle zur Beschreibung von Mimikry und Krypsis bei Tieren auf die mikrobiologische Ebene (molekulare Krypsis). Verknüpfung der Modelle mit Modellen der angeborenen Immunantwort (speziell Komplementsystem). Modellierung des Kompromisses zwischen Autoimmunität und Abwehr getarnter Krankheitserreger
  • Veröffentlichung: Publikation der relevanten Ergebnisse in wissenschaftlichen Fachzeitschriften
04/2015 - 08/2015
Rechnersehen, maschinelles Lernen, Mikrobiologie
Forschungsbereich: Appentwicklung & Geräteentwicklung für die Vor-Ort Analyse in der Lebensmittelsicherheit.

Resultate: Implementierung eines Protein-Mikroarrays und Fluoreszenzfilters in einen Smartphone-Aufsatz um vor Ort spezifische (z.B. unerwünschte) Proteine in Proben aufzuspüren (z.B. Wachstumshormone in Milch). Effiziente Analyse direkt auf dem Smartphone durch Methoden des Rechnersehens.

Methoden:
  • Datenvorbereitung: Eingabebilder (farbige Spots des Microarrays, aufgenommen mit Smartphones, also stark variierenden Qualitäten) standardisieren, interpolieren und entzerren (orthogonalisieren)
  • Bilderkennung: Spots lokalisieren und Ränder markieren. Spots der positiv / negativ Kontrollen identifizieren. Farbintensitäten der weiteren Spots bestimmen und anhand der Kontrollen kalibrieren um die Konzentration des Ziel-Proteins in der Probe zu berechnen
02/2014 - 03/2015
Systembiologie, Mikrobiologie
Forschungsbereich: Soziale Interaktionen bei Mikroorganismen.

Resultate: Charakterisierung von Kooperationsformen in Biofilmen. Insbesondere Modellierung artgleicher und artübergreifender Crossfeeding-Interaktionen. Untersuchung der evolutionären Stabilität der Kooperation bezüglich Parasitismus.

Methoden:
  • Literaturrecherche: soziale Systemtheorie, evolutionäre Spielthorie, Kooperations- und Kommunikationsformen von Mikroorganismen, Crossfeeding
  • Modellierung: Agenten-basiertes Modell zur Simulation von Crossfeeding-Interaktionen zwischen einzelligen Pilzen. Modellierung des Effektes von Kommunikation über in die Umgebung abgegebene Moleküle oder direkte Verbindung der Individuen durch Nanotubes.
  • Veröffentlichung: Publikation der relevanten Ergebnisse in wissenschaftlichen Fachzeitschriften
06/2013 - 01/2014
Rechnersehen, maschinelles Lernen
Forschungsbereich: Maschinelle Erkennung und Verfolgung (Tracking) von Zellen in mikroskopischen Video-Aufnahmen.

Resultate: Entwurf und Implementierung von Algorithmen zur Trennung von Zellaggregaten (Segmentation), Tracking der einzelnen Zellen und Extraktion zelltypischer Parameter. Später: Weiterentwicklung zur Analyse von Daten aus konfokaler Laser-Scanning-Mikroskopie (5-Dimensional).

Methoden:
  • Datenvorbereitung: Dekonvolution der Bilder mit mikroskop-spezifischem Kernel (spezifische Lichtstreuungsmuster entfernen), Interpolation, Standardisierung
  • Segmentierung: Vordergrund (fokusierte Zellen) von Hintergrund (Rauschen, Makromoleküle, nicht fokussierte Zellen, ...) trennen
  • Bilderkennung: Einzelne Zellen und Zellcluster erkennen. Zellcluster trennen. Form der einzelnen Zellen rekonstruieren
  • Merkmalsvektoren extrahieren: Spezifische Merkmale der Zelltypen erkennen und gegebene Eigenschaften charakterisieren (Größe, Bewegungsmuster, Geschwindigkeit, ...)

Reisebereitschaft

Weltweit verfügbar
Reisebereitschaft
  • Hoher Remote-Anteil
  • Vor-Ort Anteil / Reisekosten verhandelbar
Zeitliche Verfügbarkeit
  • Grundätzlich flexibel
  • Bei längeren Projekten sind 4 Tage die Woche wünschenswert
Orte
  • Jena, DE
  • Coburg, DE
Profilbild von Anonymes Profil, Entwickler intelligenter Software / Senior Machine Learning Engineer Entwickler intelligenter Software / Senior Machine Learning Engineer
Registrieren